Splinter, la rata maestra, siente que algo anda mal en la Ciudad de Nueva York. Sus discípulos, Leonardo, Donatello, Rafael y Miguel Ángel han crecido separados desde su última aventura. Las tortugas adolescentes deben renovarse de alguna forma y fortalecer sus lazos si desean tener alguna esperanza de vencer al ejército de monstruos antiguos de un industrialista.
